В эксплуатацию здание было сдано в 1888 году. В годы Великой Отечественной войны оно было полностью разрушено, а его восстановлением занялись только после того, как город освободили от немецко-фашистских захватчиков. Планировалось, что вокзал будет восстановлен в точности, однако повреждения были слишком серьезными. Власти приняли решение о возведении вокзала по новому проекту.

Его созданием в течение двух лет с 1947 года занимался известный в России архитектор Алексей Душкин. А спустя три года на Привокзальной площади появились здания железнодорожного вокзала, автовокзала, а также Управления отделения Северо-Кавказской железной дороги. Торжественное открытие состоялось 21 мая 1952 года.

Строение симметричное, центральная ось подчеркнута главным входом и башней со шпилем. В отделке использовали разные ценные материалы. Панели и ступени главной лестницы облицованы мраморной плиткой, тамбуры входов и двери сделаны из массива дуба. Потолки в помещениях расписаны и отделаны лепниной. Центральный зал украшает купол. В 1952 году на башне появились часы диаметром 2,2 метра, созданные в мастерских Московского механического института.

Здание Краснодарского вокзала ежегодно принимает тысячи гостей Кубани, радуя глаз своим величием и красотой.